| 珍稀、濒危物种保护功能区 | 指有代表性的珍稀、濒危等各类野生水生动植物物种的天然集中分布区 |
| 特有物种保护功能区 | 指我国或地方特有的鱼类等物种的天然集中分布区 |
| 敏感物种保护功能区 | 指有代表性的、对环境敏感或已消失的各类野生水生动植物物种的天然集中分布区 |
| 丰富生物多样性维持功能区 | 在底栖动物、鱼类等水生生物类型方面具有丰富多样性的区域 |
| 种质资源保护功能区 | 指具有重要经济价值、遗传育种价值或生态价值,或属于中国或地方特有的水生物苗种区等 |
| 水生物产卵索饵越冬功能区 | 指对维护鱼类等水生物多样性具有重要作用的水域,包括鱼虾类产卵场、索饵场、越冬场、鱼虾贝藻休养场等 |
| 鱼类等洄游通道功能区 | 指洄游性经济鱼、虾类的群体主群、集群由越冬场游向产卵场生殖的必经水域 |
| 涉水重要保护与服务功能区 | 指自然保护区、湿地、水源地等需要加以特别保护的区域 |
| 淡咸水生态交错维持功能区 | 指与咸水海洋生态系统密切相关的并与流域河流相交或相邻的主要入海河流水系,需要采取有效的保护措施和科学的开发方式进行特殊管理的区域,属河流生态系统与海洋生态系统过渡的综合生态系统 |
| 湖滨带生态生境维持功能区 | 指与太湖湖泊生态系统密切相关的、并与太湖相交或相邻的主要入湖、出湖河流水系,属河流生态系统与湖泊生态系统交错的综合生态系统 |
| 调节与循环功能区 | 指承担营养物循环、泥沙输送、水文循环、水运保障等功能的流域性河流,包括引江济太工程河道,以及向重要水源地供水的骨干河道等 |
| 森林岸带生境区 | 指岸带以森林生境为主的河段、湖库等 |
| 城镇岸带生境区 | 指岸带以城镇生境为主的河段、湖库等 |
| 农田岸带生境区 | 指岸带以农田生境为主的河段、湖库等 |